La segunda parte de la entrevista realizada por Libertad Digital televisión a la que fuera directora del Instituto Anatómico Forense se ha centrado en el episodio de Leganés. La explosión del piso de la calle Carmen Martín Gaite, donde según la sentencia se suicidaron algunos de los terroristas, se produjo el 3 de abril de 2004. Ese día Carmen Baladía no se encontraba en el Anatómico Forense. Después de las estresantes y duras jornadas de trabajo a las que se vio sometida tras los atentados del 11-M, Baladía se fue unos días de vacaciones "porque verdaderamente necesitaba descansar, alejarme de Madrid".
Sin embargo, en ausencia de Carmen Baladía se produjeron dos sucesos nada habituales en el Instituto del que era directora. El primero de ellos tuvo que ver con un enfrentamiento que se produjo entre forenses y Policía Científica. El segundo, con la no realización de autopsias a los cadáveres de los muertos de Leganés. Tampoco se hicieron pruebas para determinar la presencia o no de humo en los muertos.
Tal y como ha explicado nítidamente Carmen Baladía, el Instituto Anatómico Forense "sólo tiene un director y tres jefes de sección. No tiene subdirectores ni ningún otro cargo". Es por ello que, en su ausencia, el director de la Clínica Anatómico Forense, el doctor Pera, se situó al frente de la dirección.
"¡Carmen, qué amargura!"
Cuando se produjeron los hechos de Leganés, el doctor Pera "se encaminó hacia el Instituto Anatómico Forense de Madrid para ejercer las funciones propias del cargo que en ese momento tenía, pero se encontró con un compañero [el doctor Prieto] que quería asumir las competencias que desde luego no tenía". A pesar de ello, este médico forense junto a su equipo se hizo cargo del caso. "Al mediodía del 4 o 5 de abril recibí una llamada del doctor Pera, y me dijo textualmente: ¡Carmen, qué amargura!".